Claudio Pizarro đã trở thành một cầu thủ chủ chốt của đội tuyển Peru từ năm 1999, thay thế cho Nolberto Solano. Ở Copa America 2004 khi chơi cho đội tuyển Peru anh bị dính chấn thương nặng trong trận thắng 3-1 trước Venezuela khiến anh phải chia tay Copa America và phải trở về Đức để phẫu thuật. Anh đã phải ngồi ngoài 3 tháng sau chấn thương.

Pizarro chơi cho Peru ở Copa America 2007, ghi 2 bàn trong trận gặp Bolivia. Anh cho biết không có hiềm khích gì đối với huấn luyện viên mới Jose del Solar khi ông thay Franco Navarro ở chiếc ghế huấn luyện viên trưởng.